Descrierea elocventă a Patimilor lui Iisus într-o muzică dominată de 163 patosul durerii a contribuit la dimensiunea neobişnuit de mare a Pasiunilor şi la depăşirea limitelor stilistice admise de biserică, fapt ce a nemulţumit pe ierarhii bisericii şi, mai ales, pe pietişti. Aşa se explică de ce Pasiunea după Matei n-a mai fost executată după moartea lui Bach, deşi lucrarea este una dintre cele mai complexe din repertoriul religios. Abia după o sută de ani de la crearea ei, Mendelssohn a făcut-o cunoscută lumii, executând-o la Berlin, în 1829. Ultima mare lucrare religioasă este Missa în si minor, cunoscută şi sub numele de Missa Înaltă. Primele ei părţi au fost scrise în 1733 şi ultimele în anul 1738. Creată pentru cultul catolic, ea a fost dedicată principelui elector de Saxa, Frederic August. Bach apelează la imnurile missei, apte a reda trăirile umane cu deosebită pregnanţă. Mai variată ca expresivitate, în acestă lucrare foloseşte un material melodic mai divers. Alături de cântecul gregorian (de ex. Credo), apar teme cu ritm alert de dans stilizat cu vădit caracter pastoral. Crucifixus este un grăitor exemplu al evocării durerii umane. Textul latin nu are importanţă în desfăşurarea muzicală şi în succesiunea imaginilor unei părţi. Cuvintele sunt repetate până ce ideea muzicală întreagă este conturată. Generalizând, Bach dă puternice imagini contrastante ale întristării şi bucuriei, ale jertfei şi biruinţei, ale morţii şi vieţii. Este deosebit de importantă această missă pentru modul cum Bach a pus virtuozitatea contrapunctică în slujba expresiei. Dacă în Ofranda muzicală şi Arta fugii virtuozitatea de scriitură polifonică este un scop, în Missă contrapunctul, canonul şi fuga, în cele mai ingenioase împletiri, sunt valoroase mijloace de exprimare muzicală, lucrarea fiind considerată de către Hubov o “enciclopedie a artei contrapunctice”. Numeroase corale de mici dimensiuni, de mare simplitate şi cu structură armonică, participă la desfăşurarea dramei şi subliniază expresia prin mijloace diversificate.
Cele trei oratorii ale sale sunt cantate mai dezvoltate, în care autorul înlănţuie piese din cantatele anterioare. Astfel, Oratoriul de Crăciun (1734) este alcătuit dintr-un ciclu de şase cantate, scrise pentru zilele de Crăciun, Anul Nou şi Bobotează. Din cele 51 de numere ce alcătuiesc oratoriul, 17 provin din cantate laice. Celelalte oratorii, de Paşti (1735) şi de Înălţare, nu prezintă un interes deosebit. Lucrări religioase sunt şi motetele, scrise în stil polifonic, deşi în acel timp îşi croise drum motetul univocal acompaniat. În creaţiile sale vocale, de cele mai multe ori vocea este tratată ca un instrument, textul rămânând numai ca jalon de susţinere. Astfel că imaginile muzicale se realizează nu prin succesiuni de imagini legate de sensul textului, ci prin abstractizare şi generalizare de către întregul piesei.
Ca muzician de curte la Weimar şi Köthen şi în calitate de conducător al “Collegium-ului musicum” studenţesc de la Leipzig, Bach a fost nevoit să scrie muzică instrumentală de cameră, gen în care regăsim concepţia sa şi pregnant imagini ale vieţii omului. În muzica de orgă, Bach face sinteza artistică între stilul tradiţional al organiştilor germani, cunoscut prin Böhm şi Buxtehude, şi cel al organiştilor italieni, al căror reprezentant de frunte este Frescobaldi. De la primii preia formele ample (toccate, fantezii, preludii), cu desfăşurări polifonice 164 încărcate şi expresii grave, iar de la italieni, cantilena, de o puternică vibraţie emoţională, şi o formă mai limpede, mai puţin încărcată.
La baza muzicii sale de orgă stă coralul, prezent sub forma coralului variat sau a fanteziei pe temă de coral. În volumul Orgelbüchlein (Cărticică de orgă), destinat predării artei organistice, găsim şi Choralvorspielen (preludii ale coralelor), improvizaţii pe teme de coral. În corale, în sonatele şi concertele pentru orgă predomină ţesătura vertical armonică. Cele Opt mici preludii şi fugi, ca şi Passacaglia, au fost scrise pentru clave in cu două claviaturi şi pedală. În celebra Toccată şi fugă în re minor, toccata este o concisă piesă improvizatorică, urmată de severa construcţie a unei fugi la patru voci.
